Franz Jägerstätter wurde als Franz Huber am 20. Mai 1907 als Kind der ledigen Bauernmagd Rosalia Huber in St. Radegund/Oberösterreich geboren. Seine Mutter und sein Vater Franz Bachmeier, der als Knecht arbeitete, durften nicht heiraten. Für die Erziehung des kleinen Franz war zunächst seine Großmutter, Elisabeth Huber, zuständig. Sie war eine liebevolle, fromme und vielseitig interessierte Frau. 1915 starb sein leiblicher Vater im ersten Weltkrieg. 1916 kam Franz auf den Hof seiner Großeltern väterlicherseits. 1917 heiratete Rosalia Huber Heinrich Jägerstätter, den Besitzer des Leherbauerngutes in St. Radegund. Sie nahm ihren Sohn Franz zu sich. Ihr Mann adoptierte gleich im Rahmen der Hochzeit Franz. Die Ehe sollte kinderlos bleiben, wodurch Franz Jägerstätter der Hoferbe werden sollte.

Als Heranwachsender begann sich Franz - inspiriert von seinem (Adoptiv)Großvater, für Bücher, darunter auch religiöse Literatur, zu interessieren.

Jägerstätter erwies sich als beliebtes und fest integriertes Mitglied der Dorfgemeinschaft. Als er sich mit seinem im steirischen Erzabbau verdienten Geld ein Motorrad kaufte, sorgte dies für Aufsehen. Er beteiligte sich auch an den Auseinandersetzungen mit den im Dorf anwesenden Heimwehrmännern. Diese waren in das Innviertel versetzt worden, um hier an der Grenze zu Deutschland den nationalsozialistischen Einfluss einzudämmen. Ihre Annäherungsversuche an die einheimischen Mädchen wurden von den ansässigen Burschen als Herausforderung angesehen. Jägerstätter verletzte bei einer nächtlichen Schlägerei einen Heimwehrmann und kam dafür zwei Tage in Arrest.

Von 1927 bis 1930 arbeitete er im Erzabbau in Eisenerz in der Steiermark. Er erfuhr sich dort als geistig und religiös entwurzelt, was zu einer Glaubens- und Sinnkrise führte. Diese Krisen mochten auch mit seinem zwischenzeitlich sozialdemokratisch geprägten Umfeld zusammen hängen. Der Katholizismus lockerte sich dementsprechend.

In seine Heimat zurückgekehrt hatte er eine Beziehung mit Theresia Auer. Er wurde 1933 Vater der unehelichen Tochter Hildegard.

Theresia Auer sagte später, nachdem die Partnerschaft mit Franz Jägerstätter in die Brüche gegangen war: „Wir sind im Frieden auseinander gegangen, er hat mich um Verzeihung gebeten.“
Zwischen ihm und seiner Tochter Hildegard bestand immer eine gute Verbindung.

1935 lernte er Franziska Schwaninger, Bauerntochter aus dem benachbarten Hochburg, kennen und sie heiraten am Gründonnerstag 1936. Nach der Hochzeit fragte er Theresia Auer, ob er die gemeinsame Tochter Hildegard zu sich nehmen könne. Dieses Ansinnen lehnte sie ab. Auf eine Hochzeitsfeier wurde verzichtet, die Eheleute machten eine Wallfahrt nach Rom.

Franz Jägerstätter war schon in jungen Jahren tief religiös gewesen, seine Jahre in der Steiermark und die dort eingetretene Krise hatte daran nichts ändern können. Der damalige Pfarrer von St. Radegund, Josef Karobath, berichtete davon, dass Franz überlegt habe, einem Orden beizutreten. Der Pfarrer riet Franz jedoch davon ab, schließlich habe dieser die Pflicht, den elterlichen Bauernhof zu übernehmen.

Franziska, seine Frau, war ein sehr frommer Mensch. Gemeinsam bewirtschafteten sie den Leherbauernhof. Die Nachbarn bemerkten, wie sich Franz Jägerstätter nach seiner Eheschließung veränderte. Tatsächlich kann diese als Wendepunkt in seinem Leben bezeichnet werden. Er betete gemeinsam mit seiner Frau und las täglich in der Bibel. Franziska sagte über diese Zeit: „Wir haben einer dem anderen weiter geholfen im Glauben.“ Franz Jägerstätter bemerkte einmal: „Ich habe mir nie vorstellen können, dass Verheiratetsein so schön sein kann.“

Aus der Ehe gingen drei Töchter hervor, Rosalia (1937), Maria (1938) und Aloisia (*1940).

Ein in Buchform erschienener Briefwechsel mit seiner Frau Franziska zeugt davon, wie innig er seiner Frau und seinen Töchtern zugeneigt war. Wenige Tage nach seiner Einberufung zur Wehrmacht sind folgende Zeilen überliefert:

"Herzallerliebste Gattin! Also nur wieder Mut, liebe Fani, und vertiefe dich nicht zu sehr in die Arbeit und weltliche Sorgen, lasst nur stehen, was nicht leicht geht, denn deine erste Sorge muss unsern Kindern gelten, und beides, die Kinder und die Wirtschaft, könntest du ja doch nicht für die Dauer bewältigen. Darum bevorzuge die Kinder, denn sie müssen dir und mir mehr gelten als die Wirtschaft. Es grüßt und küsst dich und die Kleinen herzlich dein um dich besorgter Gatte Franz.”

Die Einberufung zur Wehrmacht war am 17. Juni 1940 erfolgt. Franz Jägerstätter hatte es zu diesem Zeitpunkt noch als Sünde angesehen, den Befehlen des Staates nicht zu gehorchen. Obzwar er abgelehnt hatte, um Freistellung anzusuchen, konnte er durch Intervention des Bürgermeisters auf seinen Hof zurück kehren.

Franz Jägerstätter zeigte sich bereits vor der Machtergreifung der Nationalsozialisten als ihr erklärter Gegner. Ursprünglich wollte er der Volksabstimmung über den Anschluß Österreichs an das Deutsche Reich am 10. April 1938 überhaupt fern bleiben. Seine Frau befürchtete negative Konsequenzen für die Familie, woraufhin er doch teilnahm. Er gab die einzige “Nein”-Stimme des ganzen Ortes ab. Die Verantwortlichen unterschlugen diese “Nein”-Stimme jedoch und meldeten eine 100 %-ige Zustimmung für den Anschluß. Den Tag der Volksabstimmung bezeichnete er später als den „Gründonnerstag Österreichs“, denn „dort ließ sich die Kirche Österreichs gefangen nehmen“.

Zudem spendete er nie bei den zahlreich durchgeführten Spendenaktionen der Nationalsozialisten. Bedürftigen half er persönlich. Auf Unterstützung seitens des Staates verzichtete er. Sowohl die Kinderbeihilfe als auch die nach einem Ernteausfall durch Hagel ausbezahlte Soforthilfe nahm er nicht an. Er besuchte auch bald kein Gasthaus mehr, weil er nicht in politische Diskussionen hineingezogen werden wollte.

Noch ein zweites Mal, und zwar Anfang Oktober 1940, wurde Jägerstätter in die Wehrmacht einberufen. Er fungierte als Kraftfahrer in der Alpenjägerkaserne in Enns. Nach Absolvierung der Grundausbildung wurde seine Einheit nach Obernberg/Inn in die Nähe seiner Heimat verlegt. Die Kameradschaft unter den Soldaten empfand er als nicht sehr groß. Jägerstätter besuchte regelmäßig am Sonntag die heilige Messe. Als dies sein Vorgesetzter erfuhr, teilte er seinen Untergebenen an den Sonntagen regelmäßig zur Stallwache ein.

Am 8. Dezember 1940 wurde Jägerstätter in Enns gemeinsam mit einem zweiten Soldaten feierlich in den Dritten Orden des Hl. Franziskus aufgenommen. Neben der Männer- und der Frauengemeinschaft (dem ersten und zweiten Orden) umfasste der dritte Orden Männer und Frauen, die verheiratet waren, Familie hatten und auch Berufe ausübten, sich aber verpflichteten, im franziskanischen Geist zu leben. Erst während seines zweiten Militärdienstes erlaubte Jägerstätter seiner Frau, sich bei der Gemeinde um ein Freistellungsgesuch zu bemühen. Anfang April 1941 konnte er wieder heimkehren, und wurde wenig später Mesner in St. Radegund. Er hatte für sich beschlossen, einer weiteren Einberufung nicht mehr Folge leisten zu wollen. Mitzukämpfen und zu töten, sodass Hitler die ganze Welt beherrschen könne, sah er als schwere Sünde an. Seine Mutter, Verwandte und auch mit ihm befreundete Priester versuchten, ihn diesbezüglich umzustimmen. Seine Frau hoffte zwar auf einen Ausweg, stand ihm aber in seiner Entscheidung bei: „Wenn ich nicht zu ihm gehalten hätte, hätte er gar niemanden gehabt.“

Sein Entschluss, nicht mehr beim Militär einrücken zu wollen, fußte auf negativen Erfahrungen beim Militär, dem Wissen darüber, dass die Nationalsozialisten ein Euthanasieprogramm durchführten und der Verfolgung der Kirche durch die Nationalsozialisten. Er hatte mit zahlreichen Freunden und Geistlichen Gespräche und Briefwechsel geführt. Öffentlich erklärte er, dass er als gläubiger Katholik keinen Wehrdienst leisten dürfe, da es gegen sein religiöses Gewissen wäre, für den nationalsozialistischen Staat zu kämpfen. Sogar mit dem Bischof von Linz, Joseph Fließer, führte er ein Gespräch. Dieser meinte sinngemäß, dass Franz Jägerstätters Verantwortung gegenüber seiner Familie größer sei als die gegenüber Taten, die auf Befehl der Obrigkeit geschahen. Der Bischof konnte damit freilich Jägerstätter nicht überzeugen.

Franziska Jägerstätter hatte ihren Mann zum Gespräch mit dem Bischof begleitet, das in Linz stattfand. Allerdings war sie bei der Unterredung nicht dabei. Sie erinnerte sich sehr gut an den Augenblick, als ihr Mann aus dem Sprechzimmer des Bischofs kam: „Er war sehr traurig und sagte zu mir: ‘Sie trauen sich selber nicht, sonst kommen’s selber dran.’ Der Haupteindruck von Franz war, dass der Bischof nicht wagte offen zu sprechen, weil er Jägerstätter nicht kannte; er hätte ja auch ein Spion sein können.“

Die dritte Einberufung zur Wehrmacht - nach Enns - erhielt Franz Jägerstätter am 23. Februar 1943. Zwei Tage später sollte er sich bei der Kraftfahrzeug-Ersatzabteilung 17 einfinden. Zunächst folgte er dem Befehl nicht, am 1. März meldete er sich jedoch bei seiner Stammkompanie. Dort erklärte er sofort, dass er keinen Dienst mit der Waffe leisten würde. Er würde gegen sein religiöses Gewissen handeln, kämpfte er für den nationalsozialistischen Staat. Es gäbe Dinge, wo er Gott mehr gehorchen müsse als den Menschen. Das Gebot “Du sollst Deinen nächsten lieben wie Dich selbst” bringe mit sich, dass er nicht mit der Waffe kämpfen dürfe. Er sei allerdings bereit, als Sanitätssoldat Dienst zu leisten.

Einen Tag nach seiner Erklärung, keinen Dienst mit der Waffe leisten zu dürfen, also am 2. März 1943, wurde Franz Jägerstätter in das Wehrmachtsuntersuchungsgefängnis im Linzer Ursulinenhof gebracht. Er blieb während der Haft in Linz in Briefkontakt mit seiner Familie. Er bat seine Frau aber, ihn in naher Zukunft noch nicht zu besuchen. Er schloss im Wehrmachtsgefängnis Freundschaft mit drei Lothringern, die wegen Eidesverweigerung inhaftiert waren. Nach dem Krieg erzählten zwei von ihnen, dass sie gemeinsam gebetet hätten und Jägerstätter ihnen von seiner ohnehin geringen Lebensmittelration etwas abgegeben hätte.

Am 4. Mai wurde er in das Wehrmachtsuntersuchungsgefängnis Berlin-Tegel überstellt. Sein vom Gericht bestellter Verteidiger, Rechtsanwalt Friedrich Feldmann, versuchte Franz Jägerstätter von dessen gefasstem Entschluss abzubringen. Er hoffte auch, dass dies dem Gefängnisseelsorger Heinrich Kreutzberg gelingt. Doch Jägerstätter ließ sich auch gegenüber dem Gericht nicht von seiner Entscheidung abbringen, als Katholik nicht mit der Waffe für den Nationalsozialismus kämpfen zu dürfen. Der Gefängnisseelsorger räumte mögliche letzte kleine Zweifel aus, indem er Franz Jägerstätter davon berichtete, dass der österreichische Pallottinerpater Franz Reinisch ebenso den Wehrdienst verweigert habe und daraufhin hingerichtet worden sei. Jägerstätter meinte hierzu: „Das habe ich doch immer gesagt, ich kann doch nicht auf dem falschen Weg sein, wenn aber sogar ein Priester sich so entschieden hat und dafür in den Tod gegangen ist, dann darf ich es auch tun.“

Franz Jägerstätter wurde am 9. August 1943 nach Brandenburg/Havel gebracht und enthauptet.
Seine Leiche wurde im Krematorium der Stadt Brandenburg eingeäschert. Schließlich erfolgte am 9. August 1946 die Beisetzung in St. Radegund, nachdem Schulschwestern, die in Brandenburg in einem Kindergarten arbeiteten, die Urne in ihren Besitz und nach Oberösterreich gebracht hatten.

Franziska Jägerstätter musste während und auch noch nach dem Krieg Anfeindungen und Benachteiligungen ertragen. Ihr wurde mehrfach der Vorwurf gemacht, sie sei mitschuldig am Tod ihres Mannes, da sie ihn nicht von seiner Wehrdienstverweigerung abhalten habe wollen. Doch dies stimmte freilich nicht, sie habe es sehr wohl versucht, wie sie einmal in einem Interview bestätigte: „Ich habe es dem Franzl nicht ausreden können“ Franz Jägerstätter fand auch keine Anerkennung als Widerstandskämpfer, was mit sich brachte, dass sie erst 1950 nach mehreren ablehnenden Bescheiden die Witwenrente nach dem österreichischen Kriegsopferfürsorgegesetz zuerkannt bekam. Die Aufnahme seines Namens unter die Toten des Zweiten Weltkrieges auf dem Kriegerdenkmal von Sankt Radegund kam erst nach heftigen Auseinandersetzungen zustande. Selbst innerhalb der katholischen Kirche galt von vielen Vertretern die Anschauung, Franz Jägerstätter sei wegen seiner Haltung in der Frage des Wehrdienstes abzulehnen.

Der Pfarrer Karobath versuchte nach 1945 vergeblich, Jägerstätters Schicksal in der Öffentlichkeit allgemein bekannt zu machen.

Zudem hob das Landgericht Berlin am 7. Mai 1954, also 11 Jahre nach der Hinrichtung von Franz Jägerstätter, das Todesurteil gegen ihn auf. Das Landesgericht ging davon aus, dass der Zweite Weltkrieg nicht dem Volk, sondern dem nationalsozialistischen Machtstreben gedient hatte. Wer sich wie Jägerstätter einem Verbrechen widersetzte, konnte nicht als Verbrecher eingestuft werden.

Am 1. Juni 2007 wurde Jägerstätters Martyrium vom Vatikan anerkannt. Franziska Jägerstätter, die drei gemeinsamen Kinder und Hildegard wohnten der Feier der Seligsprechung am 26. Oktober 2007 im Linzer Mariendom bei. Der Präfekt der Kongregation für Selig- und Heiligsprechungen Kardinal José Saraiva Martins zeichnete für die Feier verantwortlich.

Franziska Jägerstätter übergab nach den Feierlichkeiten eine Reliquie aus der Urne ihres Mannes. Diese wird gemeinsam mit einem schriftlichen Dokument Jägerstätters im Dom aufbewahrt.

Franz Jägerstätter wurden, beginnend in den 1960er Jahren, viele Würdigungen zuteil. Hervorzuheben sind der 1971 gedrehte Film von Axel Corti “Der Fall Jägerstätter”, die seit 1983 von Erna Putz am Todestag von Franz Jägersätter veranstalteten Gedenkfeiern in Ostermiething und St. Radegund, 1993 die Einrichtung seines Bauernhofes als Gedenk- und Begegnungsort, ebenfalls 1993 der Bilderzyklus “Licht in der Finsternis”, gezeigt vom Maler Ernst Degasperi in Yad Yashem, 2006 Eröffnung des Franz-Jägerstätter-Park in Braunau am Inn, Benennung der Jägerstätterstraße am Wiener Bierhäuslberg im 14. Bezirk zu seinen Ehren.

Am 29. Juni 2011 erhielt die Bibliothek des Kardinal König Hauses in Wien-Hietzing den Namen Franz und Franziska Jägerstätter-Raum. Am 26. Oktober 2014 wurde in der Linzer Familienkirche von Altbischof Maximilian Aichern eine Friedensglocke geweiht, die Franz Jägerstätter und seiner Frau Franziska gewidmet ist.

Im Oktober 2014 wurde Jägerstätter bei der Eröffnung des Denkmals für die Verfolgten der NS-Militärjustiz gemeinsam mit anderen Verfolgten gewürdigt.

Seit August 2015 gibt es in Berlin-Kaulsdorf einen "Franz-Jägerstätter-Weg".